Muzeum Archeologiczne w Nesebyrze powstało w 1956 roku, a jego pierwszą wystawę zorganizowano w cerwkii Świętego Jana Chrzciciela. Do nowego budynku zostało przeniesione w 1994 roku. Urządzona jest tu ekspozycja pod nazwą „Nesebyr na przestrzeni wieków”, która prezentuje liczne zabytki kultury ilustrujące historię starożytnej Mesambrii i średniowiecznego Nesebyru. Powierzchnia wystawiennicza muzeum obejmuje hol i cztery sale.