Este museo está ubicado en el espacio subterráneo del ala norte de la Universidad de Sofía "San Clemente de Okhrid" y presenta dos exposiciones diferentes: paleontología y geología histórica. Muestra los principales organismos fósiles invertebrados y parcialmente vegetales, muestras de rocas y fósiles, entre otros. Sin embargo, el orgullo del museo es el esqueleto imponente (7 metros de longitud y 4.20 metros de altura) de un Deinotherium, un mamífero gigantesco emparentado con los mamuts y los elefantes.
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