Aytos es un asentamiento antiguo fundado por los tracios. Restos alrededor de la ciudad de la Edad de Piedra revelan que ha existido un asentamiento aquí desde hace mucho tiempo. Los restos de tres torres (al noroeste de la ciudad) pertenecen a la fortaleza medieval de Aytos (en griego - águila), construida entre 650 y 750 d.C., de donde proviene el nombre actual. Según una leyenda antigua, el asentamiento fue fundado por Aytos ("águila") - discípulo y seguidor de Orfeo. Otra leyenda es que Aytos significa "nido de águila", el nombre proviene de la época antes de que Bulgaria cayera bajo el dominio bizantino, cuando Aytos fue uno de los últimos pueblos "caídos", cuya ubicación (rodeada por montañas) permitía una buena protección.