Rodopy zawsze były mityczną, tajemniczą i zagadkową górą. Zamieszkane od czasów starożytnych, wspomniane są w jednym z najstarszych źródeł pisanych - poemacie Homera Iliada (VIII wiek p.n.e.). W starożytnych dokumentach historycznych o Rodopach pozostawili ślady Herodot, Owidiusz, Tukidydes, Pseudo-Plutarch... Tutaj, według nich, znajdowało się słynne w hellenistycznym świecie sanktuarium boga wesołości Dionizosa. Pomimo chęci wielu współczesnych badaczy do zlokalizowania go w jednym z wielu trackich sanktuariów na szczytach Rodopów, do dziś pozostaje ono nieodkryte przez historyków. Tak, jak i miejsce narodzin jednego z bohaterów mitologii trackiej - Orfeusza. Niewiele jest teraz wątpliwości, że był on w końcu postacią historyczną, która żyła w VII wieku p.n.e. w sercu gór, gdzie czarował ludzi, zwierzęta i ptaki swoją nieziemską muzyką.
W regionie znajdują się dziesiątki miejsc kultu i sanktuariów z czasów Traków. Nie są one dobrze zbadane, ale najpopularniejsze z nich znajdują się na szczytach z atrakcyjnymi panoramami, co dodatkowo prowokuje zainteresowanie turystów i chęć ich odwiedzenia...
Trakowie zasiedlili Rodopy około 1000 r. p.n.e., ale nie stworzyli zjednoczonego państwa. Różne plemiona zamieszkiwały różne części góry: Sathri, Dii, Besi, Odrisi...
W 341 r. p.n.e. Filip Macedoński podbił Traków Rodopskich, ale w ciągu następnych 3 stuleci znów byli wolni, dopóki nie zostali podbici i włączeni do Imperium Rzymskiego.
W V wieku n.e. plemiona słowiańskie osiedliły się na całym Półwyspie Bałkańskim , pomimo oporu Cesarstwa Wschodniorzymskiego, znanego nam jako Bizancjum. W VII wieku osiedliły się tu słowiańskie plemiona Besi, istnieją dowody osadnictwa w górnym biegu rzeki Arda przez plemię Smolani, a w regionierzeki Wycza i Czepełarska - Rupcy. Chrześcijaństwo zostało przyjęte na tych ziemiach znacznie wcześniej niż na pozostałych ziemiach bułgarskich - już w V wieku, o czym świadczą wczesnochrześcijańskie bazyliki (V-IX wiek). Z okresu Pierwszego i Drugiego Carstwa Bułgarii (681-1393) w Rodopach znajdują się pozostałości wielu średniowiecznych fortec, osad i nekropolii, z których niektóre były używane od czasów trackich.
Po utworzeniu państwa słowiańsko-bułgarskiego, Rodopy i ich oddzielne części zostały przyłączone do niego lub do Bizancjum na kilka stuleci.
Wraz z podbojem Bałkanów przez Osmanów po XIV wieku, Rodopy weszły w granice nowego imperium, które prowadziło politykę asymilacyjną wobec miejscowej ludności, narzuciło siłą i presją ekonomiczną zmianę prawosławia na islam na dużej części Rodopów, a nawet osiedliło tam nowe grupy etniczne - Tatarów, Juruków, Czerkiesów, Albańczyków itp., których obecność dziś odnajdujemy jedynie w toponimii góry. Najmroczniejszy okres dla Rodopów nadszedł, gdy wiele zabytków kultury materialnej zostało zniszczonych, a miejscowi chrześcijanie najciężej znieśli atak na ich wiarę, co znajduje odzwierciedlenie w licznych bohaterskich legendach z tamtych czasów. Twierdze w środkowych Rodopach pozostawały w zapomnieniu aż do czasów współczesnych, kiedy to na początku XXI wieku, z pomocą programów europejskich, przeprowadzono wiele badań archeologicznych, renowacji i konserwacji odkrytych znalezisk.
Po wojnie rosyjsko-tureckiej w latach 1828-1829 i późniejszym traktacie w Adrianopolu, który regulował prawo Rosji do bycia patronem i obrońcą prawosławnych chrześcijan w imperium, zaczęto wydawać pozwolenia na budowę cerkwi. W kolejnych latach XIX wieku ludność chrześcijańska w Bułgarii i na Bałkanach uzyskała wolność religijną, aby budować własne cerkwie i swobodnie wyznawać swoją wiarę.
Do budowy nowych cerkwi wymagane było uzyskanie fermanu (pozwolenia) z Konstantynopola. Ferman mógł zostać przyznany pod pewnymi warunkami: cerkiew musiała istnieć od czasów starożytnych, a jej pierwotna forma powinna zostać zachowana, ludność chrześcijańska w osadzie powinna stanowić większość, cerkiew nie mogła znajdować się w pobliżu meczetu i być daleko od domów muzułmanów. Korzystając z praw pierwszej reformacji, ludność chrześcijańska w regionie Rodopów rozpoczęła również odbudowę starych cerkwi i budowę nowych.
Dla części tego regionu panowanie osmańskie trwało dłużej niż dla innych terytoriów bułgarskich. Rodopy na południe od linii Rożen - Pamporowo ostatecznie uzyskały niepodległość i zostały włączone do obecnego państwa bułgarskiego dopiero po zakończeniu wojny bałkańskiej w 1912 roku.