Город Панагюриште возник на земле, заселенной с древних времен. Здесь обнаружены доисторические памятники, поселения железного века, фракийские поселения.
На своем нынешнем месте город образовался на основе окрестных деревень и средневековых крепостей Душковченин и Красень примерно в 15 веке. Первые сведения о городе Панагюриште можно найти в турецкой книге 1576 года. Два переселения - македонских беженцев в XVI веке и 200 семей из села Войника Ямбольской области - вместе с местным населением определили чисто этнический состав населения города на несколько столетий вперед. Во времена османского рабства Панагюриште имел статус военного поселения и пользовался значительными привилегиями.
Легенды связывают основание города с драматическими временами после вторжения Османской империи на Балканы в конце 15 века. Город получил свое название от небольшой ярмарки, проходившей на берегу реки (панагюр – синоним ярмарки в юго-западных болгарских языках). Во времена рабства использовалось и турецкое имя Отлуккёй, встречается и название Каменград.
Во второй половине 18 - начале 19 века Панагюриште переживал большое экономический и культурный процветание.
Вокруг Панагюриште находится ряд археологических памятников – свидетелей древнего и средневекового прошлого. В 1949 году недалеко от города был обнаружен уникальный и всемирно известный Панагюрский золотой клад. Панагюриште – один из центров болгарского возрождения и борьбы за национальное освобождение.
Панагюриште – это имя – символ национально-освободительной борьбы Болгарии против османского рабства. Во время Апрельского восстания город был центром IV революционного округа. Здесь население самым массовым и организованным образом поднялось на борьбу с многовековыми поработителями. Оборище – место, где принимаются решения о восстании – является предшественником болгарского парламентаризма и демократии. В Панагюрском районе - апостолы Георги Бенковски, Панайот Волов, Георги Икономов, летописец Захари Стоянов, местные деятели, ставшие национальными героями - Павел Бобеков, Найден Дринов, Папа Груё Бански, Димитр Коклев, поп Неделё Иванов и панагюрский воевода Иван Парпулов (Орхо), Илё Стоянов и Кройчо Самоходов. Одним из символов борьбы стал подвиг легендарной девушки Райны Княгини. Свободолюбивый дух панагурцев присоединил их к борьбе за национальное освобождение и социальную справедливость, в которой они принесли более 1100 дорогих жертв.
Историческая местность «Обориште» расположена примерно в 7 км к северо-западу от Панагюриште, спрятанная в лоне горы Средна гора. Весной 1876 года здесь состоялось Первое Великое Национальное Собрание Болгарии. Памятник, установленный в 1982 году, хранит имена его участников и напоминает о чистоте, героизме и самопожертвовании болгарского народа. Ежегодно во время национальных торжеств в честь годовщины Апрельского восстания болгары со всей страны собираются 2 мая перед памятником Обориште для национального паломничества.