Le musée est situé dans l'espace sous le dôme de l'aile nord de l'Université « Saint Clément d'Ohrid » de Sofia et présente, dans deux expositions différentes - de paléontologie et de géologie historique, les principaux invertébrés fossiles et en partie des organismes végétaux, des échantillons de roches et des fossiles, etc. La fierté du musée reste cependant le squelette imposant (7 m de longueur et 4,20 m de hauteur) d'un dinothérium - un mammifère géant, parent des mammouths et des éléphants.
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