Според преданието, през 1197 г., за да се помни победата му над кръстоносците в битката край Мъглиж, цар Калоян дарил средства за построяване на манастир. Мъглижкият манастир представлява комплекс от църква, жилищни и стопански сгради, както и два параклиса – „Св. св. Петър и Павел“ и „Св. Архангел Михаил – Гавриил“.
Интерес представляват възстановената през 2018 г. килия-музей на Васил Левски, в която Апостолът е основал един от осемте революционни комитета в Казанлъшко, и килията, в която се е помещавало килийното училище. Най-старият предмет, който се съхранява тук, е кадилница, върху която има гръцки надпис с дата 1233 г. – времето, през което е царувал цар Иван Асен ІІ (управлявал в периода 1218 г. – 1241 г.). Това свързва историята на манастира с Второто българско царство (1185 г. – 1393 г.).